Según la Estructura Orgánica aprobado por la Ordenanza Regional 34-2006 LOS ÓRGANOS DE LINEA están constituidos por Direcciones Ejecutivas y cada uno de ellos por un numero determinado de Áreas Funcionales:
- DIRECCIÓN EJECUTIVA DE SALUD COMUNITARIA
- DIRECCIÓN EJECUTIVA DE SALUD INDIVIDUAL
- DIRECCIÓN EJECUTIVA DE PREVENCIÓN Y CONTROL DE EMERGENCIAS, DESASTRES, EPIDEMIAS.
- DIRECCIÓN EJECUTIVA DE ADMINISTRACIÓN
- DIRECCIÓN EJECUTIVA DE PLANEAMIENTO Y DESARROLLO DEL SISTEMA DE SALUD.